(新增：陳時中回應)
中央流行疫情指揮中心日前宣布，從4月15日起調整國籍航空抵台班機機組員的檢疫措施，雖是美意一樁，但因航空業排班特殊，政策實施後，卻造成航空公司、機組員困擾，不僅班表大亂，有機師反應，新制規定返台後3天居檢期不得再派飛，一定要關好關滿，以1個月飛出去3個趟為例，返台後的居檢期就是3+3+3=9，共關9天，比原本規範返台後需居檢5天，但只要符合民航法規的休時，居檢期仍可派飛，在台灣共被關7天的天數還要多。機師就透露：「指揮中心根本不瞭解航空公司運作，讓美意馬上變怨恨！」
對於機師抱怨新的居家檢疫規定反而關更久，陳時中今日出席台灣兒童醫療奉獻獎頒獎典禮時表示，機師居家檢疫時間從7天縮短到5天，再現在的3天，基本邏輯就是兼顧機師和機組員的身心健康，加上先前指揮中心要求的管理強度也都做得不錯，所以指揮中心的態度是要放寬，而非加嚴管理。
陳時中說，對於機師的反應，新規定到底出了什麼問題，有可能是辦法不夠完善會再修訂，其次可能要再加強溝通。
去年底爆發長榮航空紐籍機師傳染COVID-19本土病例後，疫情指揮中心調整機組員返台檢疫措施，必須居家檢疫7日後，採檢陰性才再改為加強版自主健康管理到第14天，此舉造成機組員在執勤、居檢、執勤間無限輪迴，嚴重影響身心健康，衍生飛安風險。在不斷反映下，指揮中心在今年3月12日再宣布調整為居檢5日，採陰後再進行加強自主健康管理9日，但居檢5日內可派飛。4月14日再宣布自4月15日起改為居檢3日，採陰後再行11天自主健康管理，居檢3天內不可派飛。
政策看似美意一樁，但新制宣布得又快又急，沒有給予緩衝期，且與當初交通部民航局所提版本內容有差異，導致新制實施後，反造成航空公司、機組員更多困擾。有業者透露，4/14當天接到消息，新制隔天就要上路，4月底前班表全亂，原本有些機師返台後居檢1、2天後就有其他航班任務，但現在也不能飛了，人力調度緊縮上的確有些當月已經沒班的機師被臨時抓飛。
由於目前航空貨運暢旺，班型不若客機班表是單純的兩點來回，機師舉例，以原本規範來說，雖然返台後居檢要5天，但未滿5天居檢期可再派飛，所以機師返台後只要休時符合飛航法規的24小時以上，就再飛出去工作。以一個月飛出去3趟來說，返台的居檢期可以是1+1+5=7天，在台灣被關的天數就是7天。
但新制上路，返台後居檢期一定要3天關好關滿，才可以再派飛，所以一個月飛出去3趟，返台後的居檢期就是3+3+3=9，一共關9天，反而被關更多天。
此外，部分機隊的機師，接受PCR的次數也會變多。舉例來說，新制規範機師返台後需要居檢3天，第3天機師由公司安排接受PCR採驗，採驗結果陰性後，第3天的23：59分後才可進入社區。但若第4天早上或下午公司又排班得飛出去，就算他沒有進入社區，留在居檢處，直到上班時才出門，這第3天的PCR檢測還是要做。
而原本規範是返台5天居檢，居檢期可接受派飛，只有最後一次居檢的第5天接受PCR檢測，第5天的23：59分之後改為加強版自主健康管理，才可以進入社區，所以PCR檢測只要做1次就可以了。
而雖然新規上路讓機組員返台後居檢3天，採陰後就可改為11天自主健康管理，但仍要求機組員在自主健康管理期間「禁止」與他人聚餐、聚會，參加公眾集會，禁止前往醫院陪病，非急迫性的醫療與檢查也要延後。這也讓機組員很無奈，雖然不用被關在房間內可以出門走走，但「禁止」而非「避免」，機組員返台後完成居檢、進入社區一樣無法正常生活，無形牢籠一樣箝制著。
有機師就說，工會和公司是不是讓CDC給婊了？居檢5天變3天似乎是福利，但一句「居家檢疫不得派飛」卻給航空公司、機師戴上了更大的枷鎖，公司和組員都是輸家！不僅所有人班表重排，機師也還是永遠輪迴的關，「指揮中心根本不瞭解航空公司運作」，組員不得不接受公司更分散的排班方式，接受被關更多天，要不就是航空公司得擺飛機在地上，指揮中心的美意馬上變怨恨。(甘芝萁、林芳如／台北報導)
